미국에서의 동시다발테러사건을 계기로 일본 東京都 총무국은 都廳舍 방문객과 직원들의 안전을 위해 신주쿠 都廳舍에 대한 특별경계에 들어갔다. 都는 廳舍 경비원을 증원, 모든 출입문에서 방문객을 체크하도록 했으며, 제1청사와 제2청사의 1층 출입구의 이용을 일부 제한했고, 자동문도 폐쇄했다. 다만, 이용자가 가장 많은 정문 현관과 제1청사 42층의 전망대는 종전대로 계속 개방하고 있다.
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