이 연구는 정부 간 재정관계를 바탕으로 중앙정부 정책결정이 지방재정에 미치는 영향을 분석하였다. 지방세 비과세․감면 확대에 따른 세입축소, 사회복지 국고보조사업 대응 지방비 증가에 따른 세출확대가 지방정부 예산대비 부채비율과 차년도 자체사업비율에 미치는 영향을 살펴보았다. 분석을 위해 지방정부 예산대비 부채비율과 자체사업비율을 종속변수로 하고 지방세 비과세․감면과 사회복지 국고보조사업 대응 지방비를 독립변수, 그리고 지방자치단체 재정, 인구통계, 정치, 경제, 사회적 특성을 통제변수로 하는 연구모형을 구성하였다. 221개 기초 지방정부를 대상으로 6개년도 패널데이터를 구축하여 분석을 실시한 결과, 지방세 비과세․감면으로 인한 세입감소가 차년도 자체사업 예산을 축소시키는 것으로 확인됐다. 사회복지 국고보조사업 대응 지방비 증가에 따른 세출확대가 예산대비 부채비율을 높이고 자체사업 예산을 줄어들게 하는 것으로 분석됐다. 통제변수 중 지방교부세 비율, 인구밀도, 노년층 인구비율, 1인당 지방세부담액이 예산대비 부채비율 영향요인으로 확인되었으며 지방교부세 비율, 국고보조금 비율, 노년층 인구비율, 1인당 지방세 부담액이 차년도 자체사업비율 영향요인으로 밝혀졌다. 중앙정부 정책목표 달성을 위한 정책수단인 지방세 비과세․감면의 지방재정에 대한 부정적 영향을 완화하기 위해 중앙정부가 지방세 비과세․감면을 활용할 경우 이를 충분히 보전하고 궁극적으로는 지방세 지출제도를 지역의 여건을 반영하여 지방정부가 자율적으로 운영하되 결과를 책임지는 방향으로 제도를 개선하여야 할 것이다. 그리고 사회복지 국고보조사업 대응 지방비로 인한 지방정부 재정부담을 완화하기 위해 지방정부와의 충분한 사전협의와 조정을 위한 제도 개선이 필요할 것이다.