1기 마을공동체 지원사업은 대체로 주민을 등장시키고 마을을 재인식할 수 있는 계기를 부여했다는 점에서는 긍정적으로 평가되었으나, 마을공동체 사업의 궁극적 목표의 모호함, 행정 주도의 마을사업에서 비롯된 행정 친화적 마을사업 프로세스, 시민의 자치역량을 강화하는 것에 집중하기보다 예산지원 프로젝트에 집중된 편향성, 민-관·민-민 소통과 공론장의 부재 등이 극복해야할 지점으로 제시되었다.

조사결과를 기초로 본 연구에서는 2기 마을사업이 주목해야 할 3대 핵심 어젠다와 주체, 사업, 협치 등 3개 분야의 10대 어젠다 등 총 13개의 어젠다를 제시하고, 각 어젠다를 구현하기 위한 27개의 세부 과제를 제안하였다.
3대 핵심 어젠다는 2기 마을공동체 지원사업에서 1기 사업과정에서 축적된 성과를 최대한 활용 하면서 마을공동체의 목표를 보다 명확히 하고 마을사업의 기본 구조를 정립하여 마을공동체 사업의 궁극적 목표와 지향을 실현할 3기 사업을 준비하는 것을 목표로 도출되었다. 이에 따라 “마을사업의 목표와 지향 정립”, “마을사업 간 연계 강화를 통한 지속가능한 마을공동체 자립 구조 확립”, “지역 공론장의 구축과 ‘마을 의회’ 모델 정립”을 제시하였다.