지난 10년간 팔당호 수질은 생물화학적산소요구량(BOD)이 1.08~3.57㎎/ℓ수준에서 정체 되고 있다. 수도권 2240만 시민의 48%인 1070만 명이 음용하는 잠실상수원의 수질기준은 1년 전 1등급(1㎎/ℓ)에서 최근에는 2등급(3㎎/ℓ)으로 후퇴하였다. 또한 한강하류 지천인 왕숙천, 탄천, 중랑천, 안양천 등의 수질은 5등급 수준으로, 목표 수질기준 2등급(3㎎/ℓ)에 크게 못 미치고 있다.

팔당상수원의 수질 보전을 위해 서울시, 경기도, 인천 시민은 1999년부터 매년 2500~3700억 원의 물 이용 부담금을 부담해 왔다. 지난 10년간 2조 6000억 원 이상이 팔당호 수질 보전을 위해 투자되었지만 성과가 적은 것은 물 이용 부담금의 절반 이상이 토지 매입과 주민지원 사업 등 직접적인 수질 개선과는 관계없는 사업에 투입되었기 때문이다. 현재 서울시민은 팔당호 물을 상수원수로 사용할 때 잠실상수원수에 비해 약 3.75배 높은 비용을 지불하고 있다. 또한 팔당상수원 유역은 상수원보호구역, 수질보전특별대책지역, 수도권정비권역의 자연보전권역 등과 중첩되어 규제를 받고 있어 주민 불만이 가중되고 있다.

선진국에서는 폐수나 하수를 배출수 처리기준 이내로 처리하는 농도규제 방식으로 하천수질을 관리하고 있다. 목표 수질을 달성하지 못할 경우 오염원을 규명하고 오염 정도에 따라 순위를 정해 수질을 총량관리하고 있다. 미국 오리건주 윌라메트강 크레스웰시는 미 환경청의 목표 수질 미달 구간에 대해 수질총량관리제를 적용하고 있으며, 일본은 동경만의 수질 개선을 위해 폐수배출량 50㎥/일 이상 특정사업장에 대해 수질총량관리제도를 실시하고 있다. 총량 목표 수질의 결정은 수질기준에 연계하지 않고 하천특성을 고려하여 설정하고 있다.

앞으로 한강수계관리는 지속가능한 수질관리와 유역(토지) 관리체제 구축을 목표로 추진할 필요가 있다. 지속가능한 수질 관리를 위해서는 우선 한강수계 총량관리제를 전면적으로 시행할 필요가 있다. 이를 위해서는 수도권 지역 주민의 공감대 형성과 가칭「전국 하천수계의 수질관리 및 주민지원에 관한 법률(안)」제정이 필요하다. 둘째, 잠실상수원의 총량관리 목표수질을 과거기준처럼 Ⅰb등급(2㎎/ℓ)로 강화할 필요가 있으며, 강우 특성을 고려한 계절별 수질 목표를 설정한다. 마지막으로 수질이 좋은 북한강 쪽 수변(남양주군 조안면 부근)을 중심으로 상수원수를 확보할 필요가 있으며, 물 이용 부담금은 환경 기초시설 설치 및 운영비 지원, 상수원 수질 개선에 집중적으로 투입되도록 한다.