1999년 2월 한강수계법에 의해 도입된 한강수계관리기금은 하류지역의 수혜자부담원칙에 의해 조성된 물이용부담금을 재원으로 하여 수변구역의 토지매입과 상류지역의 주민지원사업 등 한강수계의 수질오염을 관리하는 데 활용되어 왔다.
그러나 한강수계관리기금이 시행된 지 10여 년이 경과하는 동안 한강수계 관리 여건상에 크고 작은 변화가 있었고, 이에 따라 그간의 운용 전반에 대한 평가와 함께 새로운 수질오염관리 체제에 적합한 운용 방식 및 체제 마련과 방향정립이 필요한 시점이다.

특히 지난 2010년 5월 한강수계에도 수질오염총량관리제도의 전면 시행을 의무화한 ｢한강수계상수원수질개선및주민지원등에관한법률｣의 일부개정 법률이 공표된 바 있다.

수질오염총량관리제가 시행되면 그간 개발행위가 제한되어 왔던 상류수계에서도 배출허용량의 범위 내에서 개발을 할 수 있다. 따라서 그간 개발제한에 따른 보상 차원에서 상류지역에 물이용부담금을 지원해 왔던 기존 수질관리 정책의 기본전제가 더 이상 성립하지 않게 된다.

또한 상류수계에 대한 한강수계관리기금 지원을 통해 설치 및 운영하고 있는 환경기초시설은 수질오염총량관리제 실시로 인해 개발여유 부하량를 확보하는 데 활용될 수 있어 또 다시 개발을 허용하고, 이로 인한 수질 개선을 처리하기 위한 비용이 다시 기금에 전가될 수 있다는 잠재적 문제점을 안고 있다.

그러나 현재 한강수계관리기금의 운용원칙이나 방식은 10여 년 전 제도가 제정되었을 당시의 형태를 유지하고 있다. 따라서 수질오염총량관리제도와 같은 여건 변화를 반영한 한강수계관리기금 체제로의 개편은 미흡한 실정이다.

한강수계관리기금 운용상의 문제점과 새로운 여건 변화에 대응하여 기금의 지원 원칙과 지원 대상 사업의 범위 및 규모, 우선순위 선정 기준 등에 대한 세부적인 분석이 필요하다. 또한 환경기초시설의 설치·운영비 증가에 대비하고 비점오염사업 시행을 위한 중·장기적인 계획 수립 역시 필요하다.

수질오염총량관리체제를 맞이하여 한강수계관리기금 체제의 패러다임도 재설정되어야 한다. 즉 과거 상류지역의 규제에 따른 보상 차원의 지원이라는 관점에서 수질오염총량기준에 적합한 지원 체제로 바뀌어야 한다.

따라서 이 연구의 목적은 수질오염총량관리체제에 적합한 한강수계관리기금의 관리·운영 방향을 확립하고, 한강하류수계(서울시계 수역 포함) 등에도 한강수계관리기금을 활용할 수 있는 방향을 제시하는데 있다.